一年戦争が終結してから7ヶ月が経った、宇宙世紀0080年。ア・バオア・クー防衛戦で壊滅的なダメージを受け、事実上の敗北を喫したジオン公国軍だが、地球では降伏を選ばず徹底抗戦を続ける残党組織も複数存在した。サンダーボルト宙域で戦闘を繰り広げたリビング・デッド師団のダリル・ローレンツも、サイコ・ザクを失ったあとに地球へと降下し、アッガイで編成されたモビルスーツ小隊の隊長となっていた。ダリルは諜報メンバーとして、地球連邦軍内部の軍閥で、勢力を広げつつある南洋同盟の動向を探っていたのである。 一方、ダリルと激戦を繰り広げたイオ・フレミングも、モニカ・ハンフリー参謀が指揮する極秘任務への参加を命じられ、アトラスガンダムのパイロットとして地球へと降下する。イオが着任した強襲揚陸艦スパルタンは、インド洋上空で南洋同盟国境守備隊と遭遇するが、その指揮官の声を聞き、衝撃を受ける。 ダリルとイオ、宿命のライバルの新たな戦場である地球。そこで巻き起こった地球連邦軍、ジオン公国軍、そして南洋同盟による三つ巴の激戦、その行方とは――。