武藤游戏完成千年积木，因而唤醒“暗游戏”这另一人格。
尽管与身为海马公司社长并君临决斗者顶点的海马濑人及许多同伴展开过多场死斗，但在过去因缘导致不得不跟另一个自己战斗时，游戏和暗游戏终于要诀别并踏上各自道路的旅程——然后，跟暗游戏进行的“决斗之仪”结束，游戏他们看似已经重返日常。
那时面前出现神秘少年“蓝神”。同时，全世界不断发生神秘失踪事件。海马则一心只顾寻找千年积木。几块拼图全部拼合之时，决斗的序幕又再次揭开了！
海马公司新开发出决斗盘，能直接使脑内影像变为立体幻象，进行划时代的新决斗。
※本故事为漫画原作世界线的后续，与动画《游戏王GX》《游戏王5D's》无关。
